Trois années se sont écoulées depuis que la déesse Belldandy et ses deux sœurs sont entrées dans la vie de Keiichi Morisato, le jeune étudiant. En cette nouvelle rentrée universitaire…

Au cours d’une promenade dans Yokohama, Kenshin, Sanosuke, Kaoru et Yahiko assistent à une confrontation entre des marchands soûls et une jeune femme. Un samouraï, Takimi Shigure, s’interpose et vient…