Kusanagi et toute la section 9 doivent débusquer un terroriste connu sous le nom de “Fire Starter” qui libère un virus affectant les cyber cerveaux.

Takao, un jeune lycéen qui souhaite devenir cordonnier, sèche les cours et se rend dans un jardin japonais où il s’entraîne à dessiner des chaussures. Il y fait la rencontre…